一、PC抽提法

PC 抽提是去除蛋白质有效的手段，但超过了该饱和度，裂解体系中的蛋白质不会被一次去除，必须靠多次抽提，方可彻底去除。且每次抽提都会损失部分核酸。另外，体系太粘稠的坏处是，蛋白质难以彻底去除，以及基因组DNA 会断裂得更厉害，所以要注意裂解液与样品的比例。

PC 抽提的另外一个用途是，利用酸性酚可以部分去除DNA 的特点，在RNA 抽提时获得DNA 残留极少的RNA。不过有一点要提醒的是，某些植物样品，在去除某些杂质之前，是不能使用PC 抽提的，否则核酸必定降解。PC抽提最大的优势是成本低廉，对实验条件要求较低，对于经费紧张的实验室较为实用。

二、高盐沉淀法

高盐沉淀蛋白质/醇沉淀方法，同样也是一个非常不错的方法。与PC 抽提方法相比，除了纯度的稳定性可能要低一点外，该方法几乎克服了PC 抽提的所有缺点。更快、更轻松的去除蛋白质所可以用于大规模抽提，但其不足之处是纯度(蛋白质残留) 不够稳定，蛋白质的沉淀效率在4℃会更好一些。

三、离心柱法

离心柱纯化法，是目前试剂盒提取广泛应用的方法。其最大特点是受人为操作因素影响小，纯度的稳定性很高(虽然纯度不一定比PC 纯化方法更高)。加入的液体通过离心后会进入另外一个离心管中，与含有核酸的柱子完全是分开的，所以洗涤更彻底。其致命弱点是样品过量，提取效率较低，且需要反复离心，操作复杂，成本也较高。

四、生物磁珠法

生物磁珠法是将纯化介质包被在纳米级生物磁珠表面，通过介质对核酸的吸附，在外加磁场下使核酸附着于磁珠定向移动，从而达到固液分离纯化的作用。